Горно-Алтайский ботанический сад был основан в 1994 году для сохранения горных экосистем. Он находится в Шебалинском районе республики.
В ботаническом саду работают несколько отделов, занимающихся систематизацией растений, гербариев, созданием тематических экспозиций. Этим научная деятельность коллектива сада не ограничивается – активно выпускаются монографии, научно-популярные пособия. Также активно ведутся работы по благоустройству территории и воспроизводству растительных ресурсов.
В коллекции Горно-Алтайского ботанического сада более 1500 различных видов растений. Многие из них были получены путем обмена с другие заповедниками. Около 600 видов представляют местную флору.
Горно-Алтайский ботанический сад входит в состав Сибирского отделения Российской академии наук.