Томский художественный музей был открыт в 1982 году. Для него был выделен каменный купеческий особняк, построенный в начале XX века. Основу экспозиций составили предметы из коллекции Краеведческого музея. Сегодня в архиве музея более 12 000 экспонатов, многие из них были подарены. Например, коллекция картин известных российских художников состоит почти полностью из таких даров.
В 1995 году при Художественном музее было открыто два филиала и новый отдел. Музей деревянного творчества располагается в бывшем особняке архитектора А.Д.Крячкова. Это двухэтажное бревенчатое здание является памятником архитектуры федерального значения. В новом музее не только проходят выставки, помимо этого сотрудники заняты изучением и сохранением элементов деревянного декора старого Томска.
Один из филиалов, Музей искусства народов Севера, создан на основе этнографической коллекции И. Мартьянова. В нем посетители могут узнать о художественной культуре телеутов, ненцев, хантов и других народностей.