Богородице-Алексеевский монастырь был основан в 1605 году, всего через год после основания Томска. Но, расположенный при устье реки Киргизки, он часто страдал от набегов кочевников. Когда в 1656 году была сожжена церковь Казанской иконы Богородицы, было принято решение перенести монастырь. Старец Ефрем, посоветовавшись с воеводой и горожанами, выбрал место на реке Ушайка. В 1663 году строительство было закончено, на первоначальном месте монастыря был воздвигнут памятный крест.
В 1698 году в монастыре была открыта первая школа. Считается, что именно отсюда берет начало вся томская образовательная система. Несколькими годами раньше монахи основали больницу. В начале XVIII века здесь побывал в ссылке Абрам Ганнибал.
В 1922 году Богородице-Алексеевский монастырь был закрыт, а монахи расстреляны. Территория обители была использована для строительства новых домов, ее здания были переданы педагогическому училищу. В 1992 году возобновляются богослужения и начинается возрождение Богородице-Алексеевского монастыря.