Томский кремль, как и сам город ведет свою историю с 1604 года, когда указу царя Бориса Годунова, на Томь был отправлен отряд во главе с Г.И. Писемским, чтобы на землях, до той поры приндлежавшим татарскому князу, был поставлен новый град.
Строительство было начато с кремля, в качестве центрального укрепления города. 27 сентября строительство было завершено, и теперь эта дата традиционно считается днем рождения города.
На тот момент Томский кремль был скромных размеров. По периметру чуть более 200 метров, с тремя баншнями. Стены были из срубов, плотно приставленных к друг другу.
В 1647 начинается строительство нового городского центра, про причине того, что старый слишком обветшал и не вмещал растущее население города. Таким образом, в середние 17 века на южном мысе Воскресенской горы появляется новый, укрепленный и расширенный, городской центр. Он был построен под управление талантливого народного инженера П. Терентьевым. Томичи ласково называют его «Петруша-градодел».
В наши дни южный мыс Воскресенской горы представлен как ценнейший памятник археологии . Первые археологические исследования были проведены Томскими краеведами в начале 1950-х. В 1969 году сотрудниками Томского госуниверситета были проведены еще одни раскопки. Ими было было обследовано более 400 кв.м. и найдены более сотни различных предметов того времени.
В конце 1980-х, при повторном исследовании, был получен богатейший материал по истории и культуре города. Так же, были собраны данные по архитектуре Томского кремля.
Томский крмель середниы 17 века, представлял собой укрепление, огражденное сплошной ценью срубов, плотно соединенных клетью-тарасой. Высота стен составляла около 7 метров. Укрепление распологало 7 баншнями: 2 проездные, 4 угловые и башня-колокольна. Внутри располагался целый комплекс сооружений. Здесь был воеводский двор, служивший резиденцией наместника, церковь, амбары, житницы и даже специальная изба, для особло важных заложников.
Томский кремль, ставший культурным, военным и административным регионом, был символом государственной власти, и олицетворял нерушимость и могущество державы того времени.